结束了海洋杯锦标赛，游轮还在持续前进中，在途中几人也是参观了第二个岛屿，那就是扇贝贝岛！
据说是由贝壳所堆积而成的岛屿，在这里每年都会聚集着双刃丸与水水獭的训练家，并且举行扇贝贝王争夺战！
现在小智的水水獭早就进化成了大剑鬼，自然是不可能参加这种比赛，于是众人仅仅只是游玩并旁观了比赛就继续踏上了旅程！
在这途中经过了一个迷雾海域，突然出现的巨大幻影引起了小智几人的注意，经过调查，来到了马赫拉本岛附近的无人岛上！
来到无人岛上之后，突然又出现了一个巨大的食炉蚁，很快小智就看出就是索罗亚克或者是索罗亚释放的幻象。
于是小智便让索罗亚跟它比试了一番，它的本体也很好寻找，就在早已报废的神奇宝贝中心！
刚到那里的时候，索罗亚克还唱起了双簧，一会儿乔伊小姐，一会儿差不多娃娃！
不过小智发现索罗亚克正在利用树果草药制造成药膏为森林中的神奇宝贝们治疗，经过了解这才知道，原来之前的巨大幻影都是索罗亚克为了吓跑来这里的神奇宝贝猎人所幻化的。
这一切的一切都是为了岛上的神奇宝贝们！而这只索罗亚克曾经被这座岛上的乔伊小姐救过，后来由于神奇宝贝中心的关闭，碰巧那个时候索罗亚开始进化，两人最终没有见到最后一面！
不过缘分就是那么巧合，正好由于这里违法营业神奇宝贝中心，神奇宝贝中心的调查员来到了这里，而她就是曾经这里的乔伊小姐！
她了解了事情的经过之后，也是感动不已！于是有着小智作为担保人，她打算与索罗亚克一起重开这里的神奇宝贝中心！
接下来小智一行人又到了姆托洛岛，在那里重逢了大木博士，而大木博士之所以来这里是为了想写一篇关于洛托姆改变形态的论文！
虽然小智的他已经观察了好久，但是现在的洛托姆大多时间待在灵界，所以大木博士想要自己收服一只洛托姆，而这座岛屿上正有着有关洛托姆的传闻。
在小智几人的帮助下，再加上火箭队三人组的助攻，大木博士很是顺利的收服了一只调皮的洛托姆。
告别大木博士，几人的航海之旅还在继续，途中还遇到了被誉为杰克罗拉群岛的海贼王，在小智的协调之下，这才发现他们都是些被训练家抛弃的神奇宝贝，所以才会流落在海上成为海贼王！
于是小智便将它们全都打包带走，透子对于是成都御三家对蓝鳄很感兴趣，毕竟到现在为止她还没有收服到水系神奇宝贝！
就这样一场收服战就此展开，虽然没有悬念，但作为海贼王的首领蓝鳄还是有两把刷子的，再加上这是在海上，交战了许久，这才成功将它收服！
其中的鸭宝宝，小霞可是眼馋许久了，一直想要来合众收服一只，正好将这只送给了她来培养。
而剩下的玛力露丽、章鱼桶小智自然也是看不上，就让它们直接去了自己的岛上，那里的物资丰富，足够它们生存了！
随后又来到了迁徙岛，在这里进行迁徙的神奇宝贝们，休息时会短暂的驻足这座岛屿！
难得的迁徙美景，几人自然不会就这么错过，正巧赶上了巴大蝴族群的迁徙。
于是小智向着众人说起了他曾经遇到过的两次巴大蝴迁徙，尤其是第二次不仅巴大蝴回归，更是鼓起勇气向小遥小霞表白，那番浪漫的场景，让几人感动不已！
巴大蝴族群的迁徙很快就开始了，这番令人震撼的场景，不管见几次也是让人很是感动！
小智更是默默的牵上了芽衣与透子两女的手，三人的关系也是正式确认。
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“小智，这座大岛是杰克罗拉群岛中面积最大、大自然景象也是最丰富的岛屿！有非常多野生神奇宝贝栖息在这里呢！”
从迁徙岛出发，小智一行人登上了这座大岛，天桐更是早已查阅好资料，向众人介绍道。
“岛屿的另一头也有港口，我们可以从那里乘船继续出发！”天桐笑道。
出现在众人眼前，是一片美丽的花丛，所有人都欢呼的在里面游玩了起来，艾莉丝的牙牙也是摘了两朵鲜艳的红花，欢呼的跑过来献给她！
玩了一段时间，穿过这片茂密的草原之后，再翻越一座高山，出现在几人眼前的却是另一番场景！
河水干涸，大地皲裂！
明明只是隔了一座山，两边简直是天差地别，这里寸草不生，显然早已持续了很长一段时间的干燥！
但是由于之前玩闹耽误了些许时间，现在太阳已经快要落山了，众人也不得不在这干旱的土地上暂时露营！
就在几人准备晚餐的时候，芽衣突然指向在不远处有着一圈尖锐石柱的地方，好奇的询问道，“咦？小智哥，那是什么呀？”
小智眼神一凝，他清楚的感觉到那边的力量正在逐渐复苏，“是基拉祈？这里竟然有基拉祈，而且我们正好赶上了它的复苏！”
对于基拉祈，小智还是很有好感的！要知道小智觉醒前世记忆以来遇到的第一只神明，不仅让当时小智的神奇宝贝实力大突破，而且让皮卡丘与伊布蜕变成了搭档神奇宝贝！
这也是伊布开挂的起点！
不过这只明显不是那一只，不说其在丰缘的法恩斯沉睡，那只基拉祈的千年沉睡才几年，不可能这么快复苏。
也就是说它应该是后辈，仅仅只是神兽层次而已！
“幻之神奇宝贝，基拉祈？”
众人闻言也是大惊，吃过晚饭后，纷纷围在了石柱周围，准备见证基拉祈的复苏。
未完待续......
突然发现这群岛之旅好没有意思啊～能跳的都会跳过，在这里主要是写剧场版神速的盖诺赛克特与超梦的觉醒，还有三色堇那段剧情，然后直接开卡洛斯！